Indonesia sebagai negara kepulauan memiliki garis pantai yang sangat panjang dengan ribuan pintu masuk yang potensial bagi berbagai tindak kejahatan transnasional. Untuk mengantisipasi hal tersebut, unit Satuan Polisi Perairan (Satpolair) secara intensif menjalankan Patroli Perairan di wilayah-wilayah strategis, seperti selat-selat sempit dan perairan perbatasan. Program ini difokuskan untuk mencegah masuknya barang-barang selundupan, perdagangan manusia, hingga pencurian kekayaan laut (illegal fishing) yang dapat merugikan kedaulatan ekonomi serta merusak ekosistem maritim nusantara yang sangat berharga.
Pelaksanaan Patroli Perairan dilakukan dengan menggunakan kapal-kapal cepat yang dilengkapi dengan sistem radar dan navigasi modern. Petugas melakukan pengecekan terhadap kapal-kapal nelayan maupun kapal kargo yang melintas di jalur yang mencurigakan. Fokus utama pemeriksaan adalah pada kelengkapan dokumen pelayaran, manifes barang, hingga pengecekan muatan secara fisik. Sering kali, penyelundup memanfaatkan waktu malam hari atau cuaca buruk untuk menghindari deteksi petugas, sehingga personel Satpolair harus memiliki ketangguhan fisik dan mental untuk berjaga di tengah ombak laut yang tidak menentu demi tegaknya hukum.
Dalam menjalankan Patroli Perairan, kepolisian juga menjalin kerja sama dengan masyarakat nelayan melalui program pemberdayaan masyarakat pesisir. Nelayan diajak untuk menjadi mata dan telinga bagi aparat dengan melaporkan jika melihat kapal asing yang melakukan penangkapan ikan secara ilegal atau melihat adanya aktivitas bongkar muat mencurigakan di pelabuhan rakyat. Sinergi ini sangat efektif mengingat keterbatasan jumlah armada dibandingkan dengan luas wilayah laut yang harus diawasi. Dengan melibatkan masyarakat, pengawasan terhadap praktik penyelundupan melalui jalur laut menjadi lebih efektif dan memiliki jangkauan yang lebih luas.
Selain penegakan hukum, Patroli Perairan juga memiliki fungsi kemanusiaan, yaitu melakukan misi pencarian dan penyelamatan (SAR) jika terjadi kecelakaan laut di wilayah tugasnya. Petugas sering kali menjadi yang pertama memberikan pertolongan saat ada nelayan yang mengalami kerusakan mesin atau kapal yang tenggelam akibat cuaca ekstrem. Kehadiran polisi di perairan memberikan rasa aman bagi para pelaut dan masyarakat pesisir yang menggantungkan hidupnya dari laut. Dengan terjaganya keamanan laut, arus logistik nasional yang melalui jalur perairan dapat berjalan lancar tanpa gangguan dari tindakan pembajakan atau gangguan keamanan lainnya.